La Plataforma o estructura organizacional de AJUN, se rige por el sistema de autogobierno y el principio de representación, a través de la Asamblea General, la Junta directiva y la Dirección General.

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• La Asamblea General es la autoridad máxima o el máximo Órgano de Gobierno de AJUN, y sus decisiones son obligatorias para todos los miembros y órganos de la organización.

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• La Junta Directiva es el Órgano de Planificación, Dirección, Ejecución y Control de AJUN, y velará por la elaboración de planes, programas, proyectos, propuestas y estrategias acordadas por la Asamblea General y propuestas por la Dirección General; y ordenará, supervisará y fiscalizará a la Dirección General.

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• La Dirección General es el Órgano de Representación, Administración y Gestión de AJUN.  Tendrá a su haber el Comité de Gestión, representado por todas las Direcciones, Divisiones, Agencias y Empresas Participadas de AJUN.